棉花直補方案的實施僅制定價格是遠遠不夠的還應做好相應措施。
    建立農田種植信息庫。國土部門建有完整的農戶農田土地檔案，農業部門只要聯合地方政府，在國土檔案的基礎上，增加種植信息即可。這樣一來，不僅可以為實施補貼提供數據支持，同時可實時掌握全國農業生產品種數據，及時有效指導農業生產品種結構調整。
    信息上報錄入。種植信息應由農戶自報，村組長核實，村部匯總錄入。現在一般棉產區的村部都已通了網絡，種植信息可由村級組織錄入，少數村部沒有通網絡的可由鎮級政府組織錄入，工作量并不大。面積數據在播種后、收獲前錄入即可。對棉花來講應在每年6月底前錄入，對某一個具體的農戶來講總的種植面積是相對固定的，不同的品種在固定的面積中分配。此時農作物均未收獲，只知道補貼價，不知市場價，人為作假數據的可能性相對較小。
    信息發布。每年種植數據錄入結束后，可進行抽查核對，核對結束后定期向社會公布，每戶信息可在指定網站查詢，除特大自然災害影響造成絕收，一般不能調整。
　　信息核對。每年種植數據錄入結束后，可由統計部門的城鄉調查隊進行隨機抽查，發現問題及時糾正，對人為作假或瀆職行為進行處罰。
    稅務系統驗證。在棉花收購過程中，在地稅系統中也有一套完整的收購原始數據。在收儲政策中，要求交儲企業向中儲棉公司提供其向棉農開具的籽棉收購結算憑證，籽棉收購憑證是由地方稅務部門統一印制的地稅發票，由具有收購資質的企業向棉農開出的收購憑證，具有稅收抵扣功能，大部分地區已實現聯網開具打印，實時聯網統計，收購憑證上標有棉農所在的鄉鎮、村組、姓名、身份證號、電話號碼、出售籽棉的數量、等級、單價、總價、出售日期、購棉單位等詳細信息，只要再加上土地證號稍加完善就能直接應用，也可作為互相驗證的工具，同時也能堵住目前普遍存在的農產品收購憑證多開、虛開的偷稅、漏稅問題。
    補貼的發放。現在全國絕大多數地區農民的糧食、農資、糧種、特種養殖補貼、基礎養老保險等發放都實行了一卡通，具體負責的農業部門提前通告發放時間、補貼方法、補貼標準。根據種植數據、補貼標準計算出每戶的補貼金額，向委托銀行提供發放清單即可。具體實施由委托銀行直接打卡發放。這樣可有效防止地方各級政府部門截留、挪用、虛報、冒領現象。
    面對全國1000多萬戶棉農，補貼如何準確發放是個面廣量大的工程，如何準確統計計算補貼金額，如何防止截留、弄虛作假、虛報冒領，一要靠科技手段，二要靠公開監督，三要靠嚴懲重罰。棉花直補系統建立實施后，不僅可實施對棉花補貼發放，而且在此基礎上可建立覆蓋全國的所有農業、林業、牧業、養殖業的數據庫，為國家宏觀調控、農業結構調整優化、政資金的高效安全使用、農產品的質量安全追溯等都將發揮巨大的作用。